新中國成立后，他在中央農業部的領導崗位上，會同貿易部副部長姚依林、辦公廳主任林海云等同志討論成立了中國第一個對外貿易公司——中國茶業出口公司（歸中央貿易部領導），他兼任總經理。在當時錯綜復雜的國際形勢變化中，他迅速同蘇聯等國簽訂茶葉貿易合同；加緊組織進行茶葉的收購加工，履行易貨償債；并積極開展對資本主義市場的貿易，推銷積存茶葉；大力訂制制茶機械，在各主要茶區籌建各種類型的制茶廠；同時聯系各省積極建立和擴大茶葉教學與科研機構等。當抗美援朝開始，美國對我國實行封鎖禁運，他又采取了綠茶改制紅茶等應變措施。隨后他召開了全國茶葉會議，制定了第一個茶葉發展計劃，為新中國的茶葉事業勾劃了宏偉細致的藍圖。此后他因調任其他工作，不再主管茶葉，但中國茶葉事業的發展和取得的成就，都直接或間接地和他的擘劃分不開。

　　在經歷了十年“文化大革命”的浩劫后，他已年逾八十高齡，但仍積極與農業和茶葉界人士探討問題，參與各項考察和學術活動。他親自去云南、廣西、海南等茶區做調研，建議云南、貴州、四川、廣西、廣東發展紅碎茶，以適應國際市場需要；為增強茶葉出口競爭力，他首先提出外銷紅、綠茶出口免稅的建議；統籌外銷茶產制運銷一條龍等。這些戰略性的意見，引起了有關部門的重視，有的已被采納實施。1983年10月，他親自到杭州參加“茶葉與健康、文化研討會”，他在講話中說：這次會“是一個創舉”，“茶與醫藥、文化相結合前景非常廣闊”。事實證明，我國茶文化活動從此蓬勃發展。

　　吳覺農茶學思想研討會照片　　他生前著譯甚豐，內容廣泛。1987年在他九十壽辰時，由中國茶葉學會、中國農學會牽頭，集中了老一代的茶葉專家，編選了以茶葉論文為主體的《吳覺農選集》。在晚年，他還主編了《茶經述評》一書，對我國茶葉歷史和現狀作了較全面、正確的評述。他七十年來有關茶葉的論著，豐富了祖國茶葉歷史文庫。他的傳記已列入浙江省“文化名人傳記叢書”。根據他對中國茶葉事業建立的功績，以及對茶學的淵博知識、豐富的實踐經驗和理論著述，當年陸定一同志稱譽他為“當代茶圣”，立即得到茶界以及各方面人士的普遍認同和熱烈響應。在他的實踐和理論探索基礎上，形成了中國特有的茶學思想，至今仍有現實的指導意義。2001年5月，由我國茶學界、茶文化界以及有關企業單位發起組織了學術性民間團體“吳覺農茶學思想研究會”，宗旨是團結茶界專家學者和廣大的茶人、愛茶人共同探討與弘揚他的茶學思想，繁榮茶葉經濟、茶文化，為社會主義的物質文明和精神文明服務。